המבנה הארגוני ומספר שכבות ההיררכיה בארגון הם חלק בלתי נפרד מהתרבות הארגונית של החברה, והיא מעוצבת על פיו.
חברות סטרטאפ, לדוגמה, בנויות כארגונים מאוד שטוחים. לכל עובד, מהזוטר ועד הבכיר ביותר, יש גישה ישירה למנהל הישיר שלו וגם למנכ"ל.
העובדה שאין היררכיה מסורבלת עם הרבה דרגי מנהלים יוצרת אצל כל עובד תחושת אחריות אישית גבוהה הרבה יותר, מאשר בחברות שהן מסורבלות יותר ותחומי האחריות מתחלקים על פי הרבה יותר עובדים ושכבות רבות של מנהלים בדרגי ביניים.
מצד שני, בחברות הגדולות יש יותר אפשרויות למנות מנטורים לעובדים חדשים או עובדים ותיקים שהחלו תפקיד חדש בתוך החברה.
כלומר, בהתאם לגודל החברה, המבנה הארגוני עשוי להכיל שתי שכבות של עובדים ומנהלים והוא יכול להכיל יותר משש שכבות של מנהלים ועובדים.
כאמור, חברות קטנות פועלות לרוב עם מבנה המורכב מקומץ עובדים מהימנים המדווחים ישירות להנהלה הבכירה.
בחברות גדולות, בפרט כאלה שיש בהן כמה סניפים וחטיבות, יכולות להיות שכבות רבות מאוד של עובדים – זוטרים, בדרגי ביניים ובכירים – ומנהלים בדרגות רבות – החל ממנהלים ישירים, דרך דרגות רבות של מנהלי שכבת הביניים ועד למנהלים הבכירים.
לעובדים ולמועמדים יש בדרך כלל העדפה לאחד משני סוגי החברות – בעלות מבנה שטוח או מבנה היררכי.
יש עובדים ומועמדים שמעדיפים לעבוד בחברה גדולה ולכן מראש לא יפנו למשרות פתוחות בחברה קטנה בעלת מבנה שטוח.
ויש עובדים ומועמדים שמעדיפים לקחת על עצמם תחומי אחריות נרחבים וגדולים יותר ולפעול תוך עצמאות גדולה יותר, ולכן יעדיפו לעבוד בחברה קטנה.
לכן, בעת הליך הגיוס חשוב מאוד לוודא שהמועמדים מתאימים לארגון לא רק מבחינת המקצועיות והתכונות האישיות שלהם, אלא גם מבחינת התרבות הארגונית בהיבט של העדפת מבנה ארגוני מסויים.
ההתנגשות מתרחשת בדרך כלל כאשר חברה גדולה והיררכית רוכשת חברה קטנה בעלת מבנה ניהולי שטוח.
במקרה כזה, במקרים רבים עדיף להותיר את החברה שנרכשה כיחידה עצמאית שממשיכה לעבוד על פי התרבות הארגונית שהיתה לה טרם שנרכשה, ועם אותם מנהלים.
במקרים בהם החברה הגדולה מעוניינת במיזוג שמשלב את החברה הקטנה שנרכשה בתוך החברה הגדולה ולהפוך אותה לחטיבה בתוך החברה גדולה, יש לתכנן היטב את המעבר.
בראש ובראשונה יש להותיר את המנהלים של החברה שנרכשה כמנהלי החטיבה שנוצרה מהרכישה.
בנוסף, יש לסייע לעובדים שהיו רגילים למבנה שטוח, להסתגל להיררכיה המורכבת ולתפקד היטב בתוכה. שאם לא כן, העובדים של הבחרה שנרכשה עלולים לעזוב. עזיבתם עלולה במקרים רבים מאוד להביא לכישלון הרכישה.
אם כן, מהם ההבדלים המהותיים בין סוגים שונים של מבנה ארגוני: המבנה הארגוני הבסיסי ביותר הוא המודל השטוח, שיוצר מערכת ניהול שיתופית יותר המבוססת על שוויון במעמד העובדים וההנהלה.
בחברה קטנה קורה בדרך כלל שכמה עובדי מפתח לוקחים על עצמם אחריות שונה לניהול היבטים שונים של החברה, תוך שהם מדווחים ישירות לבעלים.
לפעמים בחברה קטנה יש עובדים זוטרים שעובדים תחת אותם עובדים שלקחו על עצמם לנהל תחומים מסויימים, אבל בה בעת הם גם מדווחים ישירות לבעלים.
כאשר חברה גדלה להיקף מספיק רחב כדי שתפקידים ספציפיים ותחומי פעילות ספציפיים דורשים כמה עובדים, נוצר צורך בשרשרת ניהולית כדי להבטיח שיתוף פעולה בתוך המחלקות ובין מחלקה אחת לאחרת.
לדוגמה, בחברה גדולה יש מחלקות לשיווק, משאבי אנוש, חשבונאות, מכירות, IT וניהול, ובחברות גדולות יותר יש גם חטיבות שפונות לשוקי יעד שונים או למוצרים שונים, וכל חטיבה כזאת מאגדת את כל אותן מחלקות. לכל מחלקה יש מנהל, ולכל חטיבה יש מנהל שאחראי על כל המחלקות.
בראש הפירמידה ניצבים הסמנ"כלים, שעליהם מוטלת האחריות שמשפיעה על כל המחלקות הללו ובראשם המנכ"ל.
בחברות שיש בהן גם מועצת מנהלים, מתווסף נדבך נוסף. מועצת המנהלים לא מנהלת את התפעול השוטף של החברה, אבל היא קובעת יעדים פיננסיים ועל ההנהלה הבכירה של החברה להביא לאישורה החלטות מרכזיות.
כאמור, בחברות בהן יש חטיבות נפרדות שכל אחת מהן פונה לשוק יעד שונה או מפתחת ומייצרת מוצרים שונים, יתכן שיהיו שכבות ניהול כפולות בכל אחת מהן.
במקביל, במטה המרכזי של החברה קיימות שכבות ניהול באותם תחומי ניהול כמו בחטיבות, אלא שהם מרכזים את ניהול התחומים הללו לגבי החברה כולה.